Miközben Theo azért küzd, hogy értelmet adjon új életének Wayward Pinesban, rájön, hogy mekkora értéket képvisel, mint a város egyetlen sebésze, és ezt arra használja fel, hogy az Első Generáció vezetőjétől, Jason Higgins-től választ kapjon a felesége, Rebecca állapotával kapcsolatban felmerülő számos kérdésre, valamint arra, hogy mi is az igazság a várossal kapcsolatban. CJ Mitchum, Wayward Pines tősgyökeres lakója és a város történésze, aki széleskörű ismeretekkel rendelkezik a város szövevényes eredetéről, az egyetlen személy, aki egyedülálló kapcsolatot tud teremteni Wayward Pines jelenlegi világa és a korábbi, emberek lakta világ között. Eközben Megan Fisher vezetésével zajlanak az abbikkal kapcsolatos kutatások, Theresa kétségbeesetten próbálja megtalálni a fiát, Bent, CJ Mitchum pedig egy létfontosságú projekt élére áll a kerítésen kívül, amely akár még halálos is lehet.